De naam Amstel is waarschijnlijk ontleend aan het woord Aeme-stelle, een oud Nederlands woord voor “waterachtig gebied”. Het woord Aeme-stelle komt ook voor in het oud Fries wat “het samenkomen van waterstromen” betekent. Het zou ook kunnen dat de naam Amstel van dit woord is ontleend aangezien even ten zuiden van Uithoorn de waterstromen van de Drecht en de Kromme Mijdrecht samenkomen. Het gebied langs de rivier de Amstel heet vanouds “Amstelland”.
Er zijn sterke vermoedens dat de benedenloop van de Amstel voor de twaalfde eeuw anders liep. Door het inklinken van het veen daalde de bodem van het Amstelland en draaide de stroomrichting van de Amstel naar het oosten, om via het Diemermeer een uitweg naar de Zuiderzee te zoeken. De uitwatering was niet optimaal en er werd waarschijnlijk een kanaal gegraven tussen de oer Amstel en een bestaand veenstroompje dat in het IJ uitmondde. Dit kanaal zou gegraven zijn tussen de Omval nabij het Amstelstation en de Blauwbrug, waar een bruikbare uitwatering naar het IJ stroomde. Dit verklaart misschien het onwaarschijnlijk rechte verloop van het stuk Amstel tussen de Omval en de Blauwbrug. Verder stroomt het riviertje de Waver even ten zuiden van Nes aan de Amstel in de Amstel en het riviertje de Bullewijk ter hoogte van Ouderkerk aan de Amstel.
Tijdens de extreem warme zomer van 2003 dreigde watergebrek in het Groene Hart, voor het eerst in de geschiedenis werd besloten de stroomrichting van de Amstel om te draaien. De rivier stroomde toen tijdelijk zuidwaarts.
Geschiedenis van Amstelland: